Anaconda的安装
anaconda的安装包可以在官网上选择对应版本下载,如果官网网速太慢,可以选择USTC镜像下载对应版本。
随后,将anaconda安装包(我这里用的是Anaconda2-5.1.0-Linux-x86_64.sh
)放在对应服务器的任意目录下,授予其可执行权限并执行,进入安装界面:
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- 一开始会让你阅读license,直接一路回车。
- 问你是否同意license,当然是yes。
- 这一步在指定安装路径,一般默认路径就可以了,直接回车。
- 是否要将Anaconda安装路径写入环境变量?当然是yes。
- 至此,Anaconda已经安装完毕。这里问你是否还要安装Microsoft VSCode?虽然我并不懂这里为啥要装它,但是装了也无妨,输入yes。
- Anaconda安装完毕!此时输入conda应该会看到conda的使用说明,显示命令没有找到,则退出命令行重新登录。
由于利用Anaconda安装软件的过程中,国外镜像会经常遇见网络问题,因此,添加Anaconda USTC源到channel。详见 https://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html
Conda的基本使用
- 查看本地包和搜索包
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- 安装包
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- 安装R
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- 获取帮助
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Conda的channel
Conda默认的源访问速度有些慢,可以增加国内的源;另外还可以增加几个源,以便于安装更多的软件,尤其是bioconda
安装生信类工具。conda-forge
通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通道里面的通用型软件。r
通道是向后兼容性通道,尤其是使用R3.3.1版本时会用到。后加的通道优先级更高,因此一般用下面列出的顺序添加。
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conda通道的配置文件一般在~/.condarc
里面,内容如下。全局控制conda的安装在conda_path/.condarc
,具体操作见https://conda.io/docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html
【补充】
最近Anaconda清华和科大的镜像都挂了,改用腾讯的镜像
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创建不同的软件运行环境
这是Conda
最有特色的地方,可以通过创建不同的环境,同时运行不同软件的多个版本。
新创建的软件环境的目录为anaconda_path/envs/enrironment_name
- 新建环境
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- 查看所有环境
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- 指定环境安装包
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- 进入新的环境
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- 退出新的环境
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Conda配置R
在添加了不同的源之后,有些源更新快,有些更新慢,经常会碰到版本不一的问题。而且软件版本的优先级,低于源的优先级。保险期间,先做下搜索,获得合适的版本号,然后再选择安装。
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利用Conda安装转录组分析工具
当初利用编译安装samtools的时候,坑实在太多,需要安装很多依赖的包。如今利用conda,可以一键安装所有需要的生信软件,省去编译和设置环境变量的麻烦。
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