向R脚本传递参数

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commandArgs

是R自带的参数传递函数，属于位置参数。

  • 一个例子
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touch "test.R"
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args = commandArgs(TRUE)
print(args[1])
print(args[2])
print(args[3])
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Rscript test.R hello 123 world
[1] "hello"
[1] "123"
[1] "world"
  • 注意，cmmandArgs()如果不加参数TRUE，
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Args = commandArgs()
cat("Args[1]=",Args[1],"\n")
cat("Args[2]=",Args[1],"\n")
cat("Args[3]=",Args[3],"\n")
cat("Args[4]=",Args[4],"\n")
cat("Args[5]=",Args[5],"\n")
cat("Args[6]=",Args[6],"\n")
cat("Args[7]=",Args[7],"\n")
cat("Args[8]=",Args[8],"\n")
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Rscript test.R hello 123 world
Args[1]= /usr/lib/R/bin/exec/R
Args[2]= /usr/lib/R/bin/exec/R
Args[3]= --no-restore
Args[4]= --file=test.R
Args[5]= --args
Args[6]= hello # 输入参数从这里开始
Args[7]= 123
Args[8]= world
  • 实际上TRUE是传给trailingOnly的，官方文档里的解释：If TRUE, only arguments after --args are returned.

getopt

需要先安装getopt包

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getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE), command = get_Rscript_filename(), 
       usage = FALSE,debug = FALSE)

spec：一个4-5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。

第一列：参数的longname，多个字符。

第二列：参数的shortname，一个字符。

第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数 ；1代表必须有参数；2代表参数可选。

第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric

第五列：注释信息，可选。

usage：默认为FALSE, 这时参数无实际意义，而是以用法的形式输出。

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library(getopt)
spec = matrix(c(
  'verbose', 'v', 2, "integer",
  'help'   , 'h', 0, "logical",
  'count'  , 'c', 1, "integer",
  'mean'   , 'm', 1, "double"
), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
print(opt$count)
print(opt$mean)
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Rscript test.R -c 12 -m 2
[1] 12
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参考

commandArgs

https://blog.csdn.net/u011596455/article/details/79753788